I 1647 var den nye kyrkja ferdig. Ho sto mørk og tjørebreidd rett opp frå stranda og med eit klokkeforma og blykledd tårn i vestre enden. Ho var større enn den gamle, hadde fått ein moderne fasong, og innvendig var det som ei ny verd å komma inn i. Tak og vegger var dekorerte med ranker i gult og raudt, i koret var apostlane avbilda i kvar sine felt omkransa av bladverk, blomar og frukt, og i taket over kyrkjelyden kvelva det seg ein nattsvart himmel med tusen stjerner og sol og måne på ein gong. Frå preikestolen og alteret lyste klare, fargerike og rikt omramma bilde mot kyrkjelyden og mindre forseggjorte var dei ikkje, benkane i kyrkja. Særleg dei som sto lengst framme.
Dette er ein av dei fire renessansekyrkjene vi har fortalt om også tidlegare, men som alle, unntatt den i Årdal, blei overmåla med kvit måling på 1800-talet.
I Jelsa kyrkje kom restaureringa i gang i 1951 og var ferdig fire år seinare. Hovudutfordringa var å frå fram att dei gamle fargane og dekorasjonane. Både overmålinga og diverse bygningsmessige arbeid hadde øydelagt delar av utsmykkinga, men eit dyktig samarbeid mellom arkitekt Waldermar Hansteen og målaren Ola Sæter har gitt oss utveg til å oppleve noe av den rikdomen som interiøret i si tid hadde.
Jelsa Kyrkje har og eit rikt inventar. Mellom dei meir eksotiske gjenstandane var ei krusifiks av det slaget som blei produsert i Limoges i Frankrike og som må ha kome til Jelsa i katolsk tid. Men det gikk på Jelsa som på mange andre stader, inventaret blei seld eller gitt bort og havna på eit museum. Krusifikset frå Limoges kom til Nationalmuseet i København i 1842. Det har vore uråd å få det tilbake, men i 1997 blei det laga ein kopi av krusifikset som ein del i markeringa av 350 års-jubileumet for kyrkja.
Jelsa kyrkje var ei av dei siste kyrkjene i privat eige her i landet. I 1751 blei ho seld til Marcille Riiberg. Marcille Riiberg var dotter til bror til soknepresten på Jelsa, Mentz Blix. Ho kom til å vera mye på Jelsa etter at far hennar døydde i 1721, og ho måtte altså ikkje vera heilt utan formue. Utanom Jelsa kyrkje kjøpte ho og Sands-kyrkja.